A cidade de Passo Fundo recebeu sua primeira Vara Federal em 20 de junho de 1987, com implantação originada pela Lei nº 7.631, de 17 de novembro de 1987, e por meio do Provimento nº 353, de 18 de dezembro de 1987. Como os Tribunais Regionais Federais ainda não haviam sido criados, o Provimento adveio do então Tribunal Federal de Recursos (TFR).

Compareceram ao evento de instalação o Juiz Federal Hervandil Fagundes, então Diretor do Foro da SJRS, o Presidente do TFR e do Conselho da Justiça Federal, Ministro Lauro Leitão, que presidiu a cerimônia, os Ministros do TFR Costa Leite, Jesus Filho, Pedro Accioli e Pádua Ribeiro, além de outros juízes federais e diversas autoridades. O primeiro magistrado designado para a Subseção foi o Juiz Federal Ari Pargendler.

A 2ª e a 3ª Varas Federais de Passo Fundo surgiram juntas em 25 de setembro de 1998, em solenidade conduzida pela Desembargadora Ellen Gracie Northfleet, que naquela época presidia o TRF4. Entre os presentes estava o Dr. Ari Pargendler, que anos antes havia sido o primeiro magistrado da Subseção, e que no ato de instalação das novas varas ocupava o cargo de Ministro do Superior Tribunal de Justiça (STJ). Além dele, outros egrégios ministros, juízes federais, diretores de foro e membros do Judiciário estiveram presentes na cerimônia.

Em 2002, o Juizado Especial Federal de Passo Fundo teve instalação marcada pela solenidade presidida pelo Desembargador Teori Albino Zavascki, à época Presidente do TRF4. Esta cerimônia contou com a presença do Ministro do STJ Gilson Langaro Dipp, bem como de desembargadores e juízes federais, e também autoridades dos demais Poderes.